桑耶寺的全名是“贝扎玛桑耶敏久伦吉白祖拉康”，藏文含义为“吉祥红岩思量无际不变顿成神殿”。

　　8世纪末，时任赞普的赤松德赞笃信佛教，他将印度的两位佛教大师寂护和莲花生迎请至西藏弘扬佛法，并决定为他们修建一座寺院。


　　据《桑耶寺志》记载，公元762年，赤松德赞亲自为寺院举行奠基，历时十二年建造，到775年终告落成。由于有传说在初建时，赤松德赞急于想知道建成后的景象，于是莲花生就从掌中变出了寺院的幻象，赤松德赞看后不禁惊呼“桑耶”（意为“出乎意料”、“不可想象”），后来就把这一声惊语作为了寺名，于是该寺也就因国王一声惊语而被命名为桑耶寺。


　　桑耶寺落成后举行了盛大的开光仪式。赤松德赞又从唐朝、印度和于阗等地邀请来僧人住寺传经译经，并宣布吐蕃上下一律遵奉佛教。因此桑耶寺是西藏第一座具备佛、法、僧三宝的正规寺院，在藏传佛教界拥有崇高的地位。